造成学龄儿童患学校恐惧症的三大应激源，包含家庭因素、学校因素和个人性格因素，要从根本上有效地防治学校恐惧症，就必须从教育改革入手，从家长、教师、社会三个方面着手。
预防学校恐惧症，家长和老师可以从以下方面下手：
1、注意培养孩子的个性。父母和老师对于胆小、细心、忧郁的孩子，不宜过严。恰恰相反，劝这些孩子处事不要过于严肃，要让他们明白人生一定有成功，也有失败的道理。
2、对孩子的期望不要过高。父母千万不要对这种类型的孩子期望过高，因为这种类型孩子的性格特点，决定了他们承受失败和挫折的能力较差，因此，期望值过高容易使这些孩子在不良性格基础上增加心理压力，促进学校恐惧。
3、早期发现，早期治疗。如发现孩子有学校恐惧症的征兆，应立即到心理门诊，请心理医生给予心理治疗和必要的药物治疗。父母更应该注意预防这些孩子可能出现的不健康的行为，如离家等。
对已患有学校恐惧症的儿童，要积极发现导致其患病的应激源，进行科学分析，并在相关学习活动中给予指导，提高儿童在认知、动机、情绪、行为等方面的心理素质和技能;辅导他们的各种学习困扰和障碍。要采取多种方法，消除导致孩子患学校恐惧的应激源。而在对幼儿进行心理辅导时，要兼顾学习辅导、人格辅导、生活辅导等多方面的配合，才能促进儿童身心发展。
对学校恐惧症患者的心理矫正，目前主要有精神分析法和行为疗法两种。
心理分析疗法详尽地分析了亲子关系的动力特征，要求发现母亲潜意识中存在的问题，阐明和分析母亲对子女的错误态度和不良情绪，鼓励母亲培养孩子的独立性，对分离采取正确、现实的态度。根据统计，精神分析治疗学校恐怖行为的有效率达92%。
而行为治疗以正负强化为主。
对患有严重学习恐惧症且引起头痛、恶心、呕吐的儿童，可采用系统脱敏法。在放松训练的同时，让孩子想象学校的情景。或是逐步的，让孩子慢慢的接近学校。刚开始，带着孩子到校门口转一转，再进学校，成功后的第三步就是让学生和老师待在一起，最后是让孩子和所有的同学在一起。
如果条件允许，也可以通过观察治疗，让害怕上学的孩子看到别的同学是如何战胜困难，坚持上学，或者听故事，从榜样身上汲取力量。
对于“学校恐惧症”的治疗，专家提出了四条对策：
一、辅助性心理治疗：对患儿进行疏导、鼓励，耐心询问患儿的忧虑和焦虑，做出解释和指导，设法改善环境状况(如更换学校或更换教师)。
二、家庭治疗法：改变过分溺爱孩子的教育方式，多与孩子进行情感上的交流，对父母自身心理有问题的，要追溯，双方同治。
三、系统脱敏治疗：家长和学校积极合作，有计划地让孩子减少上学的恐惧心理，开始的时候，每天让孩子在学校的时间稍短，以后逐渐延长。处理过程中，老师和同学要多关心、支持、鼓励，因为这些孩子一般比较敏感，要注意把握好度。
四、暴露治疗：孩子不敢上学，偏偏要用各种方法强迫他留在学校，见日久无望，他也渐渐调整了心态。这一做法特别适合刚上学不久的孩子，刺激性很强，但要注意配套的安全措施。
五、转变学习观念，促进儿童心理健康发展。
青少年校园恐惧症的出现，促使我们反思当前儿童学习环境。要营造什么样的学习环境，才能促使孩子乐于学习、乐于学习。怎样才能消除患学校恐惧症的孩子们的习得性无能，进一步消除学校恐惧的应激源，这是我们学校心理卫生工作者面临的一个亟待解决的问题。
要做到这一点，必须改变我们的学习观念，从过去注重学习的结果转变为注重学习的过程，使学习只是一种手段而非目的的观念深入人心。
学会求知，学会做人，共同生活，学会生存。它被视为终身教育的四大支柱。笔者认为，这也应成为现代教育的科学、现实和最终的学习目标。
教育应在身心、智力、审美意识、个人责任感、精神价值等方面促进人的全面发展。应使每一个人都能通过接受教育，形成一种能够独立、富有批判精神的思想意识。作为独立的个体，作为家庭和社会的一员，他就应该担负起自己的责任。
当孩子们刚进学校时，我们就应该把“四个学会”作为教育的目标，并积极地把它落实到教育实践中，而不只是把学习成绩当作衡量学生好坏的标准。尽力营造一个积极、健康、宽松的学习环境，使他们在这个环境中轻松愉快地学习，促进儿童身心健康的发展。