其实，思想政治工作和心理咨询是两个不同的概念，心理咨询往往具有思想政治工作所不具备的优势，“它按心理学的系统理论、专门的方法和技巧进行工作，掌握判断心理危机的实质，解除心理负荷，提高心理健康水平。在咨询过程中有时需要选用各种心理测试工具并辅以药物治疗，这是思想政治工作不能取代的”。[
首先，思想政治工作的着眼点往往直接指向学生的世界观、人生观和价值观以及理想信念等，重在学生思想政治素质的提高和良好品德行为的养成；而心理咨询的着眼点则是学生的心理健康状况，防止并消除在其成长中可能出现的各种心理健康问题，注重培养学生良好的自我意识，强化其自助、自控、自律能力，重在塑造学生健全的人格，使其心理得到健康成长，潜能得以充分发挥。
其次，思想政治工作以马列主义、毛泽东思想以及邓小平理论等作为理论基础，工作中始终突出其“思想”和“政治”素质的巩固和提升；心理咨询则是建立在心理学、教育学和医学等科学理论基础之上，咨询心理学、教育心理学和治疗心理学等是其主要的理论基础。
第三，思想政治工作主要是从人的社会性出发，多采取批评、劝导、灌输、教诲等方法，耐心细致地感化学生；而心理咨询须对求助者的社会、生理及心理等各方面给予全方位关注，多采取倾听、理解、支持、讨论等方法，必要时还需要运用心理测量、角色扮演等科学、严谨的方法，使学生很好地倾诉烦恼，认清问题，树立正确的观念。